Ist es zulässig das Amazon für den sogenannten "Amazon Prime Service" keine Rechnung stellen darf für gewerbliche Kunden?

Ob das im Endeffekt zulässig ist oder nicht, kann ich Dir nicht beantworten.

Ich persönlich würde wegen einer solchen Witz-Summe keinen großartigen Aufwand betreiben und die 29 Euro als Betriebsausgabe buchen. Ein Beleg, dass der Betrag tatsächlich gezahlt wurde ist vorhanden (Kontoauszug). Abzugsfähige Vorsteuer ist eh nicht enthalten, da die Amazon-Rechnung aus Luxemburg käme (soweit ich weiss...). Was kann passieren? Ein Prüfer könnte Dir 29 Euro Betriebsausgabe streichen. Who cares?

Es passiert sehr häufig, dass bei Einzugsermächtigung keine Rechnung mehr ausgestellt wird, nicht nur bei amazon. Auf dem Kontoauszug sind in solchen Fällen alle für das FA wichtigen Daten vorhanden, die auch auf einer Rechnung zu finden wären, und das ist völlig ausreichend.

JA, denn ihr habt einen Vertrag darüber abgeschlossen. In diesem sind sämtliche Zahlungsbedingungen anzugeben. Und eben auch Betrag und Abbuchungszeitraum. Dieser Vertrag wird vom Finanzamt bzw. vom Steuerprüfer allgemein anerkannt.
Sollte ein solcher Vertrag mit genannten Inhalten vorliegen, frage beim zuständigen Amt vorsichtshalber nach.
Wenn nicht, bestehe darauf. Notfalls mit anwaltlichem Schreiben!